そのメカニズムは以下のような考えが現在のところ研究されて解明されています。
歯周病の症状は、歯周病性細菌に対する免疫系が歯肉部分で過剰反応することで悪化していきます。
通常、免疫反応は身体を守るために働くのですが、歯周病性細菌が歯肉に刺激を与え続けると、
歯周組織のマクロファージやリンパ球が産生するのは酵素類やサイトカイン類などが、局所（歯肉）に
蓄積します。酵素類はコラーゲン繊維などを切断・溶解する作用を持っています。サイトカイン類は、
ＩＬ-１（インターロイキン１）、ＩＬ-６（インターロイキン６）、ＩＬ-８（インターロイキン８）、
ＴＮＦ-α（腫瘍壊死因子）など多彩な生理活性を示す炎症性サイトカインと呼ばれるタンパク質です。

これらは、血液中に入っていろいろの全身疾患に悪影響を及ぼします。
局所的に産生された炎症性サイトカインは、歯周組織に対して悪影響を及ぼすだけでなく、
血液を介して全身疾患にも負の影響をもたらします。